Fino a circa il 1630 l'Isola Bella (allora chiamata Inferiore per opposizione all'Isola Superiore, oggi detta dei Pescatori), era costituita essenzialmente da un lembo di terra e roccia abitata da pescatori.
Le prime opere edilizie furono avviate da Giulio Cesare Borromeo (1593-1638), ma ad una vera e propria campagna di acquisizioni si dedicò Carlo III (1586-1652) che diede il via ai primi interventi concreti e volle chiamarla Isabella in onore della moglie Isabella D'Adda.
I veri artefici della trasformazione dell'isola furono i figli, il Cardinale Giberto III (1615-1672), e in particolare Vitaliano VI (1620-1690), che migliorarono e innovarono il primitivo progetto del padre.
Palazzo e giardini vennero concepiti come un'unica entità di grande impatto scenografico: l'isola prese la forma di un immaginario vascello con la villa edificata nella parte più stretta a settentrione (ponte di prua) e il giardino nella parte più ampia della zona meridionale (ponte di poppa). Nella realizzazione di questa visione si succedono, dalla metà del Seicento fino a metà Ottocento, importanti architetti come Giovanni Angelo Crivelli, Filippo Gagnola, Carlo Fontana e, più in qua nei secoli, Giulio Galliori, Cosimo Morelli, Giuseppe Zanoia, Luigi Canonica. Dopo secoli di lavoro il Principe Vitaliano X Borromeo Arese (1892-1982) terminerà il Palazzo con la costruzione del Salone Grande (1948-1952), della facciata settentrionale e del grande molo all'estremità superiore dell'isola (1948-1958).

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